第二集中，尼奥（基奴·李维斯 饰）没有能从摧毁内部“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）和崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰）等人知道了尼奥的清况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双发谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。石青峰施展了狂风咒，狂野的狂风吹动了天空的云层，两片云层骤然相撞，相撞之时，电闪雷鸣，一道碗口粗的闪电撕裂了夜空，当空劈下，正中力王之王——巨力老人尉迟镛的胸口，当场就把尉迟镛劈飞了出去，身体表面变成了一截冒烟的焦炭，倒在角落里，手脚抽搐，全身发黑，毛发直立像豪猪一样。
